故事发生在一座与世隔绝的小岛上，在那里，常年居住着守护家园不受侵害的神秘组织，人称“圣灵家族”。作为族长的女儿，菲丽西塔（能登麻美子配音）一直都接受着严格的教育，但在内心里，菲丽西塔其实和普通少女无异，甚至还有着天然呆的一面。某一日，族长突然做出了举办“圣灵决斗”的决定。这是岛上的古老传统，在决斗中的胜利者，不仅能够成为岛上的统治者，此外，他还会成为菲丽西塔的夫婿。就这样，个性开朗率真的元气少年利...

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由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树...

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 　　理树则开始了寻找成员的任务。 　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 　　...