这是一个存在着魔法的世界，式森和树（坂口大助 配音）是一个不合格的魔法师，虽然出生于魔法世家，但他一生可以使用魔法的次数仅为8次，一旦次数用完，施术者便会变成幽灵。平凡的和树准备就这样度过他平凡的一生，直到某天，一个自称是他妻子的女孩出现在了他的面前。此女名为间宫夕菜，曾经是和数的亲梅竹马，而她此次前来的目的，居然是想要继承和树体内质量极其优秀的遗传因子！就这样，和树和夕菜开始了快乐的同居生活...

　　千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉...